Στην Ένωση συμπεριλαμβάνονταν
αρχικά και οι υπόλοιπες ΕΠΣ της Κρήτης.
Πρώτη Αποσπάστηκε η ΕΠΣ Χανιών, και αργότερα σταδιακά αποχώρησαν και οι υπέλειπες
δημιουργώντας σταδιακά της ΕΠΣ Λασιθίου και ΕΠΣ Ρεθύμνης.
1928/29 ΟΦΗ
1929/30
1930/31
1931/32
1932/33
1933/34
1934/35
1935/36
1936/37
1937/38
1938/39
1939/40
1940/41
1941/42
1942/43
1943/44
1944/45
1945/46
1946/47
1947/48
1948/49
1949/50 Ερμής Ηρακλείου
1950/51 ΕΓΟΗ Ηρακλείου
1951/52 ΟΦΗ
1952/53 ΓΣ Εργοτέλης
1953/54 ΟΦΗ
1954/55 ΟΦΗ
1955/56 ΟΦΗ
1956/57 ΟΦΗ
1957/58 ΟΦΗ
1958/59 ΟΦΗ
1959/60 ΟΦΗ
1960/61 ΟΦΗ
1961/62
1962/63
1963/64
1964/65
1965/66 Νίκη Σητείας
1966/67
1967/68 ΓΣ Εργοτέλης
1968/69 ΠΑΣΑ Ηρόδοτος Νέας Αλικαρνασσού
1969/70 ΓΣ Εργοτέλης
1970/71 ΠΟ Ατσαλένιος
1971/72 ΠΑΣΑ Ηρόδοτος Νέας Αλικαρνασσού
1972/73 ΝΑΠΟ Ποσειδών Ηρακλείου
1973/74 ΠΟ Ατσαλένιος
1974/75 ΓΣ Εργοτέλης
1975/76 ΠΑΣΑ Ηρόδοτος Νέας Αλικαρνασσού
1976/77 ΓΣ Εργοτέλης
1977/78
1978/79
1979/80 ΑΟ Αγίου Νικολάου Λασιθίου
1980/81 ΝΑΠΟ Ποσειδών Ηρακλείου
1981/82
1982/83 ΕΓΟΗ Ηρακλείου
1983/84 ΝΑΠΟ Ποσειδών Ηρακλείου
1984/85 Α) ΠΟ Ατσαλένιος
Β) ΑΟ Τυμπάκιου
1985/86 Α) ΝΑΠΟ Ποσειδών Ηρακλείου
Β) Τυλισός
1986/87 Μινωική
1987/88 ΠΟ Ατσαλένιος
1988/89 ΝΑΠΟ Ποσειδών Ηρακλείου
1989/90 ΕΓΟΗ Ηρακλείου
1990/91 ΑΕ Κατσάμπα
1991/92 ΑΟ Τυμπάκιου
1992/93 ΣΦ Ολυμπιακός Χερσονήσου
1993/94 ΑΟ Τυμπάκιου
1994/95 ΠΟ Ατσαλένιος
1995/96 ΠΑΝΟ Μαλλίων
1996/97 ΠΟ Ατσαλένιος
1997/98 ΠΑΝΟ Μαλλίων
1998/99 ΟΦΗ 94
1999/00 ΣΦ Ολυμπιακός Χερσονήσου
2000/01 ΠΑΣΑ Ηρόδοτος Νέας Αλικαρνασσού
2001/02 ΠΑΣΑ Ηρόδοτος Νέας Αλικαρνασσού
2002/03 Μινωική
2003/04 ΑΕ Κατσάμπα
2004/05 ΑΟ Τυμπάκιου
2005/06 ΠΑΟ Κρουσώνα
2006/07 Μοχός
2007/08 Ασίτες
2008/09 ΑΓΣ Ρουβάς
2009/10 Ασίτες
2010/11 ΑΟ Ζάρου
2011/12 ΑΕΚ Τσαμπουράκης
2012/13 ΑΟ Ζάρου
2013/14 ΑΟ Ζάρου